工具显微镜销售采用的是光学系统，可通过非破坏观察法生成高画质图像并进行准确的3D测量，用来观察样品表面亚微米程度的三维形态和形貌，又可以测量多种微小的尺寸，诸如体积、晶粒、膜厚、线粗糙度、面粗糙度等。
使用无限远光学系统的显微镜主要由物镜、管镜和目镜组成。标本经物镜和管镜放大后，形成放大倒立的实象；实象经目镜再次放大后，形成放大的虚象。与生物显微镜不同，工业显微镜多用于观察非透明的样品，因此主要采用反射照明，主机机身上搭载有反射照明器。观察方式主要包括：明视场、暗视场、微分干涉、偏光、荧光等。
工具显微镜主要是应用在工业上，而工业上的应用主要就是观测材料、品质检测等。工业材料大部分是非透明的，比如金属、复合材料、电子半导体器件。而生物显微镜主要应用于生命科学领域，观测的主要是细胞、病菌、组织等等，绝大多数是透明物体。观察试样的透明与非透明也就决定了两种显微镜在结构上的zui大不同：光路的不同。工业显微镜大多是反射照明光路，而生物显微镜是纯透射，没有反射光路。
显微镜的分类有很多种方式，按照使用目镜的数目可分为单目、双目、三目显微镜；根据其用途以及应用范围可分为生物显微镜、金相显微镜、体视显微镜等，按照光学原理可分为偏光、相差和微差干涉对比显微镜等。
工业显微镜分类很细致，根据不同用途和目的将其分成了7类，分别是激光共焦显微镜、数码显微镜、测量显微镜、清洁度显微镜、金相显微镜、半导体与平板显示显微镜、体视显微镜，每一种的特点和应用也有所不用。
